Pendant la guerre de 1939- 45, l'armée allemande installe de l'artillerie et des guetteurs sur la colline. En août 1944, après le débarquement de Méditerranée, des troupes de la France Libre commandées par le général Goislard de Monsabert mènent avec les résistants marseillais des combats très durs pour libérer Marseille.

Pour des raisons autant symboliques que stratégiques, Goislard de Monsabert assigne à ses hommes, parmi les objectifs prioritaires, de hisser le drapeau tricolore sur Notre-Dame de la Garde.
Les soldats allemands retranchés au sommet de la colline se défendent d'abord avec l'énergie du désespoir, puis renoncent à mourir pour Hitler et capitulent.
Mais à partir d'autres point élevés de la ville, des batteries allemandes qui n'ont pas encore été prises entreprennent de pilonner la basilique sur laquelle flotte un grand drapeau tricolore, drapeau dont la vue a fait bondir de joie la population marseillaise.
Il faut une semaine de combats pour libérer Marseille , ce qui est une longue durée par rapport à la guerre-éclair qui caractérise les trois semaines de la bataille de Provence.

Des tirailleurs algériens montaient aussi à l'assaut de la colline près du char Jeanne d'Arc et des autres blindés du général de Monsabert.
Plusieurs de ces Algériens sont tombés aux côtés de soldats et officiers français : des musulmans ont donné leur vie pour libérer la Bonne-Mère, et cela fait partie de la personnalité riche et variée de Marseille.