Faisant face au fort Saint-Nicolas, le fort Saint-Jean est celui de droite en regardant vers la mer à partir du Vieux Port. Et il paraît qu'au moment de leur réaménagement, Louis XIV aurait dit : «Nous avons remarqué que les Marseillais prisaient fort les jolies bastides, nous avons voulu avoir la nôtre à l'entrée de ce grand port». C'était peut-être un chouïa ironique car ces deux forts ont été élevés suite à un soulèvement de Marseille contre la politique du Roi Soleil et les canons sont tournés vers la ville et non pas vers la mer.

Au départ, c'était la commanderie des Hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem qui a été construite à la fin du XIIe siècle et il parait que la Tour Carrée date du XVème siècle et fut édifiée par le célèbre roi René dont elle porte désormais le nom.

Il fut par la suite achevé sous Louis XIV qui reprend aux Hospitaliers la Tour Saint-Jean pour l'inclure dans les remparts élevés en 1666, après le remaniement des fortifications par l'ingénieur Clerville sous les ordres de Vauban.

Aujourd'hui, n'ayant plus de vocation militaire, ce fort abrite des collections de la DRAC, et la ville a le projet d'y adjoindre le MUCEM, avec un nouveau bâtiment qui comportera cinq niveaux et qui s'inscrit dans le très ambitieux projet de la Cité de la Méditerranée qui ira du Fort Saint-Jean à Arenc.

Mais en attendant que ce vaste projet voit le jour, seule la Tour du Roi René est ouverte aux visites du public : sa terrasse offre une vue unique et merveilleuse sur la rade et des expositions y sont organisées régulièrement.

Enfin, adossé au fort Saint-Jean, le Mémorial des Camps de la Mort est installé dans un blockhaus de la Seconde Guerre Mondiale et conserve en sa pénombre le souvenir d'une triste période de souffrance.