En 600 av J-C, les Phocéens débarquèrent dans la calanque du Lacydon, qui forme aujourd'hui le Vieux Port. C'est là que se concentra toute l'activité maritime de la ville jusqu'au XIXième siècle.

Au Moyen-Age, les marais qui bordaient le fond du port furent convertis en chènevières (c'est de là que vient le nom Canebière). On filait sur place le chanvre utilisé pour les cordages de bateau.

Sur la rive sud, entre les III-ème siècle et IX-ème siècle, fut édifié la très puissante Abbaye Saint Victor de Marseille.

Les quais furent construits sous Louis XII et Louis XIII, entre le XVème siècle et le XVième siècle et un très important chantier de construction de galère se mis en place.

Au XIXième siècle, la profondeur de 6 m devint insuffisante pour les navires à vapeur de fort tonnage. Selon, la capacité du Vieux-Port en 1854 était de 1 000 à 1 200 vaisseaux. Son trafic annuel était de 18 000 navires, soit plus de deux millions de tonneaux, ce qui représente un quart du port de Liverpool. De nouveaux bassins furent créés à la Joliette. Le Vieux Port ne contient plus aujourd'hui que des bateaux de plaisance.

La Seconde Guerre Mondiale a bouleversé le cadre du Vieux Port : le pont transbordeur a été démoli et le vieux quartier a été dynamité par les nazis, avec l'aide de la police française, durant la « bataille de Marseille » de janvier 1943. Ce quartier a été reconstruit par l'architecte Fernand Pouillon en 1948.